Berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Timur No. 68 tahun 2016, Dinas Perindustrian dan Perdagangan Provinsi Jawa Timur terdiri dari 1 orang Pejabat Eselon II, 22 orang Pejabat Eselon III (1 Sekretariat, 5 Bidang, 16 UPT, dan kelompok fungsional) sebagaimana bagan berikut :